去年一組由多國研究人員組成的研究組對三種基因組測序儀：羅氏454的GS Junior，Illumina的MiSeq，還有Life Technologies的Ion Torrent個人化基因組測序儀（PGM）進(jìn)行了性能比較，今年這一研究組又發(fā)表了升級版比較內(nèi)容。
比較對象：
GS Junior （; Titanium 400 base chemistry）
MiSeq （Illumina; 2x 150b & 2x 250b paired-end consumables）
PGM （Ion Torrent; 100b, 200b, 300b & 400b kits）
此外還通過傳統(tǒng)的Sanger測序方法進(jìn)行驗(yàn)證。
研究機(jī)構(gòu)：
德國明斯特大學(xué)，比勒菲爾德大學(xué)等
性能比較：
這一研究小組發(fā)現(xiàn)這三種測序儀比較而言，在測序的準(zhǔn)確性方面，MiSeq出現(xiàn)插入-缺失堿基信息錯誤的情況少——很少出現(xiàn)替換，無插入或者缺失錯誤。而GS Junior則是這三者中通量低的測序儀，因此成本為昂貴。PGM這兩年發(fā)展的很快，新的300/400bp平臺只會出現(xiàn)一次替換錯誤，并大量的減少了之前有過的插入-缺失錯誤。
明斯特大學(xué)的Dag Harmsen博士表示，這些錯誤均是由系統(tǒng)自然產(chǎn)生的——幾乎都與測序儀中的均聚物（Homo-polymer）有關(guān)，因此采用適當(dāng)?shù)能浖ぞ呖梢詮浹a(bǔ)這些問題。
“MiSeq和PGM系統(tǒng)的從頭組裝測序質(zhì)量確實(shí)很不錯，因此我預(yù)計這兩個平臺今年將會被微生物流行病學(xué)監(jiān)測公共衛(wèi)生機(jī)構(gòu)列為常規(guī)儀器，用以更快，更準(zhǔn)確的監(jiān)測疫情爆發(fā)的情況。”
專家們認(rèn)為三種儀器均適合用于醫(yī)學(xué)臨床，對細(xì)菌病原進(jìn)行快速、的檢測。不過隨著這些儀器的出現(xiàn)，要獲得好的測序結(jié)果也從實(shí)驗(yàn)室逐漸轉(zhuǎn)向了大量測序數(shù)據(jù)的分析上來，我們需要更為強(qiáng)大的軟件工具。
目前Harmsen博士參與的一項歐盟 FP7 PathoNGenTrace 項目就是這樣的一個主題，“我們正在開發(fā)用戶友好型軟件解決方案，希望能在數(shù)據(jù)和科研認(rèn)知之間架起一座橋梁，并為新一代測序儀在臨床和公共健康微生物學(xué)等方面的應(yīng)用開啟更為廣闊的天空，”Harmsen博士補(bǔ)充道。
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更新時間：2013-05-16
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